Namun, kelancaran operasional itu dibayangi kehilangan. Tiga jemaah dilaporkan wafat saat proses kepulangan berlangsung. Mereka adalah Hery Widianto (69), warga Kota Malang yang meninggal di dalam pesawat pada Kloter 12; Wayan Rohani Suwasti (63), juga asal Kota Malang, yang wafat di RS Haji Surabaya setelah tiba bersama Kloter 12; serta Kasijan Tiba (70), warga Kota Pasuruan yang meninggal di RS Haji Surabaya setelah pulang bersama Kloter 38.
Tak hanya itu, catatan kesehatan jemaah juga menjadi perhatian serius. Sebanyak 20 jemaah dilaporkan meninggal dunia saat berada di Arab Saudi selama pelaksanaan ibadah haji. Sementara 18 jemaah lainnya sempat mengalami sakit, dan hingga kini masih ada 15 orang yang belum dapat kembali ke Indonesia karena harus menjalani perawatan intensif di sejumlah rumah sakit di Arab Saudi.
PPIH memastikan pemantauan terhadap kondisi para jemaah yang masih dirawat terus dilakukan melalui koordinasi dengan tim kesehatan di Arab Saudi. Di saat yang sama, panitia juga bersiap menyambut kepulangan 29.219 jemaah dan petugas yang masih berada di Tanah Suci.