Meski demikian, gagasan besar tersebut tidak sepenuhnya mendapat dukungan dari seluruh tokoh pergerakan Indonesia. Sejarawan Boon Kheng Cheah dalam bukunya Red Star Over Malaya (1983) menyebut terdapat indikasi bahwa Mohammad Hatta dan sejumlah tokoh lainnya tidak sependapat dengan rencana penyatuan itu.
Perbedaan pandangan tersebut belum sempat diselesaikan ketika situasi dunia berubah drastis. Pada 14 Agustus 1945, Jepang menyerah kepada Sekutu setelah bom atom dijatuhkan di Hiroshima dan Nagasaki. Kekalahan Jepang menciptakan kekosongan kekuasaan yang kemudian dimanfaatkan para pemuda Indonesia untuk mendesak percepatan kemerdekaan.
Desakan itu berujung pada peristiwa Rengasdengklok dan akhirnya membawa Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya pada 17 Agustus 1945, tujuh hari lebih cepat dari jadwal yang sebelumnya direncanakan Jepang.
Sejak saat itulah mimpi tentang Indonesia Raya perlahan memudar. Fokus para pemimpin Indonesia beralih pada mempertahankan kemerdekaan yang baru diproklamasikan, sementara para nasionalis Melayu harus melanjutkan perjuangan mereka sendiri menghadapi kolonialisme Inggris.
Malaya akhirnya menempuh jalan yang berbeda. Wilayah tersebut meraih kemerdekaan pada 31 Agustus 1957, atau 12 tahun setelah Indonesia merdeka, yang kemudian menjadi bagian utama dari pembentukan negara Malaysia.
