Kiprah politik itu membawanya ke Senayan. Fathan terpilih sebagai anggota DPR RI dari PKB untuk dua periode berturut-turut, yakni 2014–2019 dan 2019–2024.
Selama satu dekade di parlemen, ia berada dalam lingkungan politik nasional sebelum melanjutkan pengabdiannya di lembaga negara.
Setelah menyelesaikan dua periode sebagai legislator, Fathan dipercaya menjadi anggota BPK RI untuk periode 2024–2029. Lembaga tersebut memiliki mandat memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara.
Kembali Mengabdi untuk Keluarga Besar PMII
Di tengah perjalanan karier politik dan pemerintahan, hubungan Fathan dengan PMII tetap berlanjut. Ia kembali mengambil peran dalam organisasi yang menjadi salah satu fondasi perjalanan hidupnya, kali ini melalui wadah para alumni.
