Pada 1995–1996, Fathan dipercaya menjadi Ketua Pengurus Cabang PMII DKI Jakarta. Kiprahnya berlanjut ke tingkat nasional ketika ia menjabat sebagai Ketua Pengurus Besar PMII periode 1997–1998.
Pengalaman memimpin organisasi mahasiswa menjadi bagian penting dari perjalanan kariernya. Setelah aktif di PMII, Fathan memperluas kiprahnya melalui organisasi keagamaan, pemerintahan, dan politik.
Pada 2005–2009, ia tercatat sebagai anggota Departemen Ekonomi dan Pemberdayaan Umat Pengurus Pusat Majelis Ulama Indonesia (MUI). Ia kemudian dipercaya menjadi Staf Khusus Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi Republik Indonesia pada 2013–2014.
Dua Periode Menjadi Anggota DPR RI
Karier Fathan juga berkaitan erat dengan Partai Kebangkitan Bangsa (PKB). Di partai tersebut, ia pernah menjabat sebagai Wakil Sekretaris Jenderal Dewan Pengurus Pusat (DPP) PKB periode 2015–2019.
Perannya di tingkat partai berlanjut ketika ia dipercaya menjadi Ketua Bidang Keuangan dan Perbankan DPP PKB periode 2019–2024.
