BGN menegaskan bahwa seluruh unit penyelenggara Program Makan Bergizi Gratis wajib mematuhi standar sanitasi dan keamanan pangan yang telah ditetapkan. Salah satu syarat utama yang harus dipenuhi adalah tersedianya sistem pengolahan limbah yang layak agar operasional dapur tidak menimbulkan dampak terhadap lingkungan maupun kualitas makanan yang disajikan kepada penerima manfaat.