Di bawah kepemimpinan Presiden B.J. Habibie, Indonesia menaruh harapan besar pada kemajuan industri dirgantara melalui pengembangan pesawat N-250 Gatotkaca oleh IPTN. Namun, krisis moneter 1997 menghentikan ambisi tersebut. Untuk memasuki tahap produksi massal, proyek ini diperkirakan membutuhkan investasi hingga US$650 juta.
Saat Presiden Abdurrahman Wahid atau Gus Dur memimpin, pemerintah melanjutkan upaya pemulihan ekonomi pascakrisis 1998 melalui restrukturisasi sektor perbankan yang dijalankan Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN).
Biaya penyehatan perbankan diperkirakan mencapai sekitar Rp640,9 triliun dalam bentuk obligasi dan surat utang negara. Selain itu, pada 2001 pemerintah mulai menerapkan desentralisasi fiskal secara besar-besaran dengan transfer dana ke daerah sekitar Rp82,4 triliun.
Pada era Presiden Megawati Soekarnoputri, pemerintah memilih langkah privatisasi sejumlah BUMN untuk membantu menekan beban utang negara. Nilai penjualan beberapa perusahaan pelat merah mencapai sekitar Rp18,5 triliun. Salah satu kebijakan yang paling menuai perdebatan adalah penjualan saham Indosat kepada Temasek Holdings senilai Rp4,6 triliun.
Sementara itu, pada masa pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY), subsidi bahan bakar minyak (BBM) menjadi salah satu komponen belanja negara terbesar. Selama periode 2004–2014, total subsidi BBM mencapai sekitar Rp1.297,8 triliun, atau rata-rata Rp129,7 triliun per tahun. Di sisi lain, keputusan menaikkan harga BBM bersubsidi menjadi salah satu kebijakan paling sulit karena berdampak langsung terhadap masyarakat.
