Meski demikian, langkah tersebut menuai kritik dari sejumlah kalangan. Forum Sipil Bersuara (FORSIBER) menilai pengalihan penyidikan melalui kesepakatan antarlembaga tidak dapat dijadikan dasar untuk menciptakan kewenangan baru yang tidak diatur dalam undang-undang.
FORSIBER juga menyoroti potensi konflik kepentingan karena Kejaksaan Agung kini menangani perkara yang melibatkan mantan pejabat tinggi di institusinya sendiri.
Untuk menghindari polemik berkepanjangan sekaligus menjaga independensi penanganan perkara, Mahfud mendesak agar KPK segera menggunakan kewenangannya mengambil alih kasus tersebut.
Menurutnya, karena perkara masih berada pada tahap penyidikan dan belum masuk ke pengadilan, Presiden memiliki ruang untuk mendorong KPK mengambil alih demi menjaga kredibilitas sistem penegakan hukum.
"Kasus ini masih berada di lingkungan eksekutif, belum masuk ke ranah yudikatif. Karena itu, Presiden dapat membuka jalan agar KPK mengambil alih penanganannya demi menyelamatkan sistem hukum kita," pungkas Mahfud.